Информационные технологии и системы

Адов Алексей Александрович

Алексей Адов, Кирилл Андреев, Павел Бойко
Оптимальный речевой кодек для VoIP в децентрализованных беспроводных сетях на основе WiFi Открыть работу

Обсуждается вопрос оптимального выбора речевого кодека для использования VoIP в многошаговых децентрализованных беспроводных сетях на основе WiFi. Показано, что накладные расходы, связанные с заголовками разных уровней и механизмом случайного доступа к среде, существенно ограничивают абонентскую емкость сети. В качестве способа снижения накладных расходов предложено использовать агрегацию кадров речевого кодека. Оптимальный кодек и параметры агрегации определены на основании имитационного моделирования. работа

Алексеевский Андрей Владимирович

Александр Панчин, Сергей Митрофанов, Андрей Алексеевский, Сергей Спирин, Юрий Панчин
Зависимость мутационных процессов в геноме человека от контекста Открыть работу

Значительное увеличение частоты транзиции C>T в первой позиции динуклеотида CG в геноме человека является хорошо изученным примером зависимости процессов мутагенеза от нуклеотидного контекста. В данном случае резкие изменения частоты мутаций связаны с работой фермента ДНК метилазы. Таким образом, изучение влияния нуклеотидных контекстов на мутационные процессы не только интересно само по себе, но может помочь поиску новых механизмов мутагенеза. Использование геномов шимпанзе и орангутана позволило восстановить предковое состояние 6,530,908 одиночных нуклеотидных полиморфизмов (SNP) человека и определить направление мутаций. Изучена зависимость частот мутаций от 1-5 нуклеотидных контекстов. Например, выяснилось, что транзиция T>C происходит во второй позиции мотива AT^T/_AG примерно в 3.5 раза чаще, чем траниции T>C в среднем по всем мотивам. Это сравнимо с увеличением частоты транзиций C>T в первой позиции динуклеотида CG (в 4.7 раза). Обсуждаются и другие эффекты.

Алфимцев Александр Николаевич

А.Н. Алфимцев, И.И. Лычков
Алгоритм захвата и отслеживания объекта на цифровых изображениях с упрощенной процедурой обучения Открыть работу

Рассмотрен вычислительно эффективный алгоритм захвата и отслеживания объектов на цифровых изображениях с упрощенной процедурой обучения. Представлен аналитический обзор существующих алгоритмов захвата и отслеживания объектов, выделены их преимущества и недостатки. Приведены примеры работы предложенного алгоритма на тестовой выборке изображений статического жеста открытой ладони.

Андреев Кирилл Владимирович

Кирилл Андреев, Павел Бойко, Денис Фахриев
Влияние случайной компоненты затухания радиосигнала на работоспособность беспроводных mesh сетей под управлением OLSR Открыть работу

Представлен обзор стохастических моделей распространения радиосигнала, а также представлены результаты моделирования для VoIP-сети под управлением протокола OLSR при различных параметрах канала передачи данных, определено влияние каждого из факторов случайности на поведение сети.

Кирилл Андреев, Павел Бойко
Масштабируемость модели физического уровня WiFi в NS-3 Открыть работу

Рассматривается проблема квадратичной зависимости времени имитационного моделирования беспроводной сети стандарта 802.11 от количества устройств. Показано, что автоматическое ограничение радиуса распространения радиосигнала позволяет получить модель физического уровня с линейной зависимостью времени моделирования от размера сети валидную в широком диапазоне параметров системы.

Алексей Адов, Кирилл Андреев, Павел Бойко
Оптимальный речевой кодек для VoIP в децентрализованных беспроводных сетях на основе WiFi Открыть работу

Обсуждается вопрос оптимального выбора речевого кодека для использования VoIP в многошаговых децентрализованных беспроводных сетях на основе WiFi. Показано, что накладные расходы, связанные с заголовками разных уровней и механизмом случайного доступа к среде, существенно ограничивают абонентскую емкость сети. В качестве способа снижения накладных расходов предложено использовать агрегацию кадров речевого кодека. Оптимальный кодек и параметры агрегации определены на основании имитационного моделирования.

Кирилл Андреев, Павел Бойко, Андрей Мазо, Дмитрий Михин
Имитационное моделирование в реальном времени и эмуляция беспроводных сетей Открыть работу

Обсуждаются технологии и приложения эмуляции работы беспроводных сетей. Описываемый подход позволяет совмещать использование реального программного обеспечения устройств сети с контролируемостью и воспроизводимостью имитационного моделирования. Приведены экспериментальные данные, сравнивающие пропускную способность моделируемой и эмулируемой многошаговой беспроводной WiFi сети.

Ахмадуллина Александра

Александра Ахмадуллина
Эволюция сайтов митохондриального генома, ассоциированных с болезнями человека. Открыть работу

С мутациями в митохондриальном геноме ассоциировано множество энцефаломиопатий – болезней нервной ткани и патологий скелетной мускулатуры человека. На сегодняшний день аннотировано 936 мутаций, приводящих к более чем 50 болезням, большинство из которых проявляется в пострепродуктивный период. Некоторые болезни развиваются уже при небольшой доле мутантных митохондриальных геномов в изучаемых клетках (гетероплазмия), другие развиваются только при достижении мутантным митохондриальным геномом 100 % внутри клеток больной ткани (гомоплазмия). С целью найти закономерности распределения патогенных мутаций, мы провели внутривидовой и межвидовой анализ сайтов, а так же изучили физико-химические и структурные особенности митохондриальных белков и транспортных РНК. Полученные результаты будут использованы в предсказании новых мутаций митохондриального генома человека.

Бадмаева Ксения Владимировна

К.В. Бадмаева
Адаптация специализированного хранилища данных Открыть работу

Рассмотрен ряд характерных, специфических черт хранилища данных как сложной системы. Сформулирована общая постановка задачи адаптации хранилища данных и предложен алгоритм решения локальной задачи адаптации для специализированного хранилища данных - выбор представлений для материализации.

Базыкин Георгий Александрович

Nadegda Terekhanova, Georgii A. Bazykin
Parallel evolutionary trajectories at sites of multiple amino acid replacements in Drosophila Открыть работу

Homoplasies, and parallelisms in particular, can carry information about the fitness landscape. We studied the codons in which the same amino acid originated by two nonsynonymous substitutions from a common ancestor twice independently on the phylogeny of Drosophila genus. Under a neutral evolution scenario, the two substitutions in such codons will have proceeded in a random order, and we correspondingly expect that the order of these substitutions in different species will coincide in 50% of cases. However, in 23 of 30 such cases, both substitutions occurred in the same order, i.e. lead through the same intermediate amino acid, as evidenced by an ingroup species. This result implies that the fitnesses of the two intermediate variants in two-substitution codons are usually substantially different, with one variant being usually substantially more fit than the other.

G.A. Bazykin, Alexey S. Kondrashov
Detecting past positive selection through ongoing negative selection Открыть работу

At any given moment, positive selection which favors currently rare, derived alleles affects only a small fraction of sites in the genome and, thus, is much rarer than negative selection, which favors common, ancestral alleles. A variety of methods for detecting positive selection, both past and ongoing, are in use, and a number of unambiguous cases of positive selection-driven allele replacements have been described at the sequence level. Still, neither of these methods is perfect. Here, we propose a method for detecting past positive selection through ongoing negative selection, based on comparison of the parameters of intraspecies variation at functionally important and selectively neutral sites where the same nucleotide substitution occurred recently. A reduced presence of recently replaced alleles at functionally important sites indicates that negative selection currently acts against these alleles and that their replacements were driven by positive selection. Application of this method to Drosophila melanogaster lineage shows that the fraction of adaptive amino acid replacements in it remained ~0.5 for a long time. In Homo sapiens lineage, however, this fraction drops from ~0.5 in the course of origin of Catharrhini to 0.1 in the course of origin of Hominidae, to 0 in the course of hominid evolution, perhaps due to the impact of a reduction of effective population size, which can mask past positive selection by elevating the level of nonsynonymous variation.

S. Naumenko, A. Kondrashov, G. Bazykin
Frequency of reversals in evolution of vertebrates and insects decreases on increased phylogenetic distance between substitutions Открыть работу

Functional evolution of protein sequences takes place on a fitness landscape, and each amino acid substitution can increase or decrease fitness or leave it invariant. The rate of reversals – amino acid substitutions that give rise to an ancestral amino acid – is relevant to the shape of the fitness landscape and its dynamics. Here, we show that reversals are very frequent in evolution of vertebrates and insects. The fact that amino acid has been present in the evolutionary history of a given amino acid position significantly increases the probability of reversal into this amino acid. The rate of reversals decreases with increased phylogenetic distance. Phylogenetic distance affects the frequency of reversals stronger than other factors.

Лёушкин Е.В., Кондрашов А.С., Базыкин Г.А.
Эволюция кодирующей последовательностей ДНК в участках инсерций и делеций Открыть работу

Инсерции и делеции (инделы) в кодирующей области ДНК играют значительную роль в эволюции белков. В работе исследуются инделы длиной до 60нт, не вызывающие сдвига рамки считывания. Подавляющее большинство инсерций представляет собой тандемные дупликации. Инделы преимущественно возникают в участках с ослабленным отрицательным отбором, и приводят к дальнейшему увеличению скорости точечных нуклеотидных замен в своей окрестности. Со временем скорость эволюции в окрестности индела снижается. Показано, что сама последовательность инсерции имеет высокую скорость эволюции сразу после вставки, которая со временем также постепенно снижается. По-видимому, окружение вставки/делеции адаптируется к новой структуре белка, в результате чего скорость эволюции снижается. Результаты теста Макдональда-Крейтмана и анализа ранних замен показывают, что многие из точечных нуклеотидных замещений в инсерциях на начальном этапе из эволюции имеют адаптивный характер.

Olga A. Vakhrusheva, Sergey Naumenko, Georgii A. Bazykin
Edge of the Expanding Protein Universe: Exploration of Sequence Space by Very Remote Homologs Открыть работу

Space of modern protein sequences can be referred to as protein universe and has been formed as a result of divergent evolution. It is assumed that ancestral sequences for many present-day proteins existed in the last universal common ancestor (LUCA). If divergence of proteins that have been evolving since LUCA continues, it can be described in terms of ongoing protein universe expansion. Such expansion would mean that substitutions corresponding to new states in amino acid space for a given position in a given protein are more frequent. Processes shaping protein universe can be inferred from studies on clusters of orthologous proteins from triplets of closely related genomes and sets of more distant genomes. Here, we analyze the trends in exploitation of sequence space in very divergent amino acid positions.

Балабанов Андрей

А. В. Балабанов
Разработка пула свободных производственных мощностей предприятий виртуальной корпорации Открыть работу

В статье описывается методика разработки пула свободных производственных мощностей предприятий виртуальной корпорации. Определяется последовательность и критерии автоматизированного выбора предприятий для размещения заказа. Приводится структурная схема пула.

Баранова Мария Александровна

Мария Баранова, Константин Попадьин
Существует ли генетическая компонента вымирания? Открыть работу

Для того чтобы судьба мутантных аллелей определялась преимущественно генетическим дрейфом, эти аллели не обязательно должны быть строго нейтральными, т.е. совершенно эквивалентными по приспособленности. Необходимо лишь, чтобы их селективное преимущество, или «вредность», измеряемые коэффициентом отбора s, не превышали величины, обратной удвоенному эффективному размеру популяции: s < 1/(2Ne) . Существуют и более мягкие определения почти нейтральных генов:s < 1/Ne. В любом случае в соответствии с определением, чем меньше эффективный размер популяции, тем большая доля мутаций будет эффективно-нейтральной и тем выше вероятность фиксации этих мутаций. На данный момент уже показано, что популяции с низкой эффективной численностью быстрее накапливают слабо-вредные мутации: островные популяции в сравнении с континентальными, популяции крупных млекопитающих в сравнении с мелкими видами. И хотя скорость накопления мутаций научились хорошо оценивать, до сих пор остается непонятным, влияют ли эти мутации в совокупности на приспособленность видов, а скорость их накопления на повышение риска деградации. Поиском связи между эффективной численностью популяции, скоростью накопления в ней слабо-вредных мутаций и приспособленностью видов мы занимались в данном исследовании.

Безматерных Павел Владимирович

Павел Безматерных, Сергей Гладилин, Дмитрий Николаев
Генеративное распознавание штрихкодов с применением аппарата быстрых обобщенных преобразований Хафа Открыть работу

В работе предлагается метод быстрого вычисления оценки близости матрицы распознаваемого штрихкода с матрицами идеалов, использующий алгоритм построения быстрых обобщенных преобразований Хафа (далее БОПХ), также рассматриваются оптимизации данного алгоритма по скорости и памяти, и проводится сравнение с другими способами реализации генеративного распознавания.

Беляев Михаил Геннадьевич

E.V. Burnaev, M.G. Belyaev, P.V. Prihodko
Estimation of effective dimension reduction space for function approximation Открыть работу

In the problem of approximation of multidimensional function the number of adjusted parameters essentially depends on the dimension of input vector. For adequate estimate of big number of parameters samples of big sizes are needed which are usually unavailable in case of real applied problems. In order to deal with such situation preliminary dimension reduction of input vector should be done. Two methods are proposed in the present paper: 1. The method for simultaneous estimation of dimension of compression transformation and complexity of a model used for approximation. Developed method allows choosing optimal combination of these parameters avoiding overtraining of approximating function. 2. Method for dimension reduction of input vectors before construction of an approximation is proposed. This method allows preserving proximity between the values of the approximable function for initial input vectors and corresponding recovered input vectors. Application of proposed methods to real and arti cial data shows good performance in terms of run-time and accuracy.

Бибило Юлия

Юлия Бибило
Изомонодромные деформации систем с иррегулярными особыми точками Открыть работу

Рассматривается изомонодромная деформация линейных систем обыкновенных дифференциальных уравнений с иррегулярными особыми точками. Доказана теорема об общем виде дифференциальной формы, задающей такую деформацию.

Бойко Павел Юрьевич

Бучацкая Елена, Павел Бойко
Сравнение современных симуляторов WiFi сетей Открыть работу

Целью работы является обзор и сравнение современных пакетных симуляторов сетей с поддержкой WiFi. Представлены критерии сравнения с акцентом на структуру WiFi модуля имитационной модели и масштабируемость проводимых экспериментов. В соответствии со сформулированными критериями описываются наиболее популярные бесплатные симуляторы NS-2, NS-3, OMNET и JiST/SWANS. Ключевые аспекты собраны в таблицу, объединяющую воедино все знания о рассматриваемых симуляторах. Проведено экспериментальное сравнение для сетей стандартов 802.11b и 802.11a.

Кирилл Андреев, Павел Бойко, Денис Фахриев
Влияние случайной компоненты затухания радиосигнала на работоспособность беспроводных mesh сетей под управлением OLSR Открыть работу

Представлен обзор стохастических моделей распространения радиосигнала, а также представлены результаты моделирования для VoIP-сети под управлением протокола OLSR при различных параметрах канала передачи данных, определено влияние каждого из факторов случайности на поведение сети.

Кирилл Андреев, Павел Бойко
Масштабируемость модели физического уровня WiFi в NS-3 Открыть работу

Рассматривается проблема квадратичной зависимости времени имитационного моделирования беспроводной сети стандарта 802.11 от количества устройств. Показано, что автоматическое ограничение радиуса распространения радиосигнала позволяет получить модель физического уровня с линейной зависимостью времени моделирования от размера сети валидную в широком диапазоне параметров системы.

Алексей Адов, Кирилл Андреев, Павел Бойко
Оптимальный речевой кодек для VoIP в децентрализованных беспроводных сетях на основе WiFi Открыть работу

Обсуждается вопрос оптимального выбора речевого кодека для использования VoIP в многошаговых децентрализованных беспроводных сетях на основе WiFi. Показано, что накладные расходы, связанные с заголовками разных уровней и механизмом случайного доступа к среде, существенно ограничивают абонентскую емкость сети. В качестве способа снижения накладных расходов предложено использовать агрегацию кадров речевого кодека. Оптимальный кодек и параметры агрегации определены на основании имитационного моделирования.

Кирилл Андреев, Павел Бойко, Андрей Мазо, Дмитрий Михин
Имитационное моделирование в реальном времени и эмуляция беспроводных сетей Открыть работу

Обсуждаются технологии и приложения эмуляции работы беспроводных сетей. Описываемый подход позволяет совмещать использование реального программного обеспечения устройств сети с контролируемостью и воспроизводимостью имитационного моделирования. Приведены экспериментальные данные, сравнивающие пропускную способность моделируемой и эмулируемой многошаговой беспроводной WiFi сети.

Борисова Марина Эдуардовна

М.Э. Борисова
Регуляция SOS-ответа Протеобактерий: сравнительно-геномный анализ фактора транскрипции LexA и сайтов его связывания Открыть работу

SOS-ответ представляет собой индуцируемую реакцию клеток на резкую остановку синтеза ДНК. В обычных же условиях белок LexA (или его ортолог в Грам-положительных бактериях — DinR) репрессирует все гены SOS-ответа, связываясь со специфическими последовательностями в промоторных областях. В работе были исследованы полные геномы Протеобактерий на наличие в них ортологов генов Esherichia coli, регулируемых белком LexA, и наличие перед ними сайтов связывания. Было показано, что: топология дерева белков LexA коррелирует со структурой мотива, в Бета-протеобактериях обнаружен далёкий гомолог sulA - sulA*, который в большинстве геномов имеет потенциальный сайт связывания LexA.

Бурнаев Евгений Владимирович

E.V. Burnaev, M.G. Belyaev, P.V. Prihodko
Estimation of effective dimension reduction space for function approximation Открыть работу

In the problem of approximation of multidimensional function the number of adjusted parameters essentially depends on the dimension of input vector. For adequate estimate of big number of parameters samples of big sizes are needed which are usually unavailable in case of real applied problems. In order to deal with such situation preliminary dimension reduction of input vector should be done. Two methods are proposed in the present paper: 1. The method for simultaneous estimation of dimension of compression transformation and complexity of a model used for approximation. Developed method allows choosing optimal combination of these parameters avoiding overtraining of approximating function. 2. Method for dimension reduction of input vectors before construction of an approximation is proposed. This method allows preserving proximity between the values of the approximable function for initial input vectors and corresponding recovered input vectors. Application of proposed methods to real and arti cial data shows good performance in terms of run-time and accuracy.

Бучацкая Елена Сергеевна

Бучацкая Елена, Павел Бойко
Сравнение современных симуляторов WiFi сетей Открыть работу

Целью работы является обзор и сравнение современных пакетных симуляторов сетей с поддержкой WiFi. Представлены критерии сравнения с акцентом на структуру WiFi модуля имитационной модели и масштабируемость проводимых экспериментов. В соответствии со сформулированными критериями описываются наиболее популярные бесплатные симуляторы NS-2, NS-3, OMNET и JiST/SWANS. Ключевые аспекты собраны в таблицу, объединяющую воедино все знания о рассматриваемых симуляторах. Проведено экспериментальное сравнение для сетей стандартов 802.11b и 802.11a.

Вайншток Аркадий Пинхосович

Александр Дерендяев, Валерий Гитис, Аркадий Вайншток
Интеграция сетевой ГИС в распределенную информационно-аналитическую среду Открыть работу

Рассмотрены принципы интеграции сетевой ГИС в большую распределенную систему, оперирующую в реальном времени с потоками разнотипных пространственно-временных данных. Показана реализация взаимодействия ГИС Гео-ЕСИМО с серверами ЕСИМО. Представлены примеры анализа пространственно-временных данных по мировому океану.

Вахрушева Ольга Александровна

Olga A. Vakhrusheva, Sergey Naumenko, Georgii A. Bazykin
Edge of the Expanding Protein Universe: Exploration of Sequence Space by Very Remote Homologs Открыть работу

Space of modern protein sequences can be referred to as protein universe and has been formed as a result of divergent evolution. It is assumed that ancestral sequences for many present-day proteins existed in the last universal common ancestor (LUCA). If divergence of proteins that have been evolving since LUCA continues, it can be described in terms of ongoing protein universe expansion. Such expansion would mean that substitutions corresponding to new states in amino acid space for a given position in a given protein are more frequent. Processes shaping protein universe can be inferred from studies on clusters of orthologous proteins from triplets of closely related genomes and sets of more distant genomes. Here, we analyze the trends in exploitation of sequence space in very divergent amino acid positions.

Веденина Варвара Юрьевна

Шестаков Л.С., Веденина В.Ю.
Стратегии поиска полового партнера у разных видов саранчовых (Insecta, Orthoptera, Gomphocerinae). Открыть работу

На примере представителей разных видов сем. Gomphocerinae обсуждаются различные стратегии поиска полового партнера и связанная с этим акустическая активность.

Виноградов Дмитрий Валерьевич

S. Vinogradova, D. Vinogradov, A.A. Mironov
Analysis of Codon Usage Bias on a Genome-wide Scale Открыть работу

Synonymous codons for aminoacids are not used with equal frequency. Synonymous mutations are usually referred to as "silent," but increasing evidence shows that they experience significant selection pressures in a wide range of organisms. Selection for translational efficiency may reflect selection for rapid translation (speed selection), selection for translation with high fidelity (accuracy selection), or both. Our aim was to analyze the codon usage variation on a genome-wide scale in order to test whether codon usage bias can be explained by selection pressure or by stochastic reasons.

Виноградова Светлана Владимировна

S. Vinogradova, D. Vinogradov, A.A. Mironov
Analysis of Codon Usage Bias on a Genome-wide Scale Открыть работу

Synonymous codons for aminoacids are not used with equal frequency. Synonymous mutations are usually referred to as "silent," but increasing evidence shows that they experience significant selection pressures in a wide range of organisms. Selection for translational efficiency may reflect selection for rapid translation (speed selection), selection for translation with high fidelity (accuracy selection), or both. Our aim was to analyze the codon usage variation on a genome-wide scale in order to test whether codon usage bias can be explained by selection pressure or by stochastic reasons.

Витрещак Алексей Геннадьевич

Светлана Петрова, Алексей Витрещак, Михаил Гельфанд
Cравнительно-геномный анализ структур РНК, регулирующих трансляцию генов рибосомных белков у протеобактерий и фирмикут Открыть работу

Один из важных механизмов регуляции генов связан с образованием вторичной структуры мРНК в регуляторной (или лидерной) области гена. Такой механизм регуляции имеется как у бактерий, так и у эукариот. Рибосомный белок связывается с регуляторным сайтом мРНК, имитирующим сайт связывания рибосомного белка с рибосомой. При связывании запирается сайт инициации трансляции и рибосомальные гены не экспрессируются. В данной работе мы проследили за протяженностью уже известных регуляторных мРНК сигналов. А также предсказали новые регуляторные элементы в классе фирмикут. В частности, филогенетический анализ str,aplha, spc регуляторных сайтов показал, что регуляция ограничена только гамма-протеобактериями, причем, отсутствует в нескольких семействах гамма-протеобактерий, более близких к бета- протеобактериям. В другом случае, регуляция оперона L21-L17 сохранена во всех фирмикутах, кроме молликут. Бактерии этой группы имеют сильно вырожденный геном (в 5-10 раз меньше чем у других бактерий), и регуляция часто теряется. Регуляторная структура оперона L21-L27, а также для еще двух оперонов - L19,L13-S9 предсказана нами. Никаких данных о регуляции данных оперонов ранее не встречалось.

Волк Денис Сергеевич

Д.С. Волк, В.А. Клепцын
Тонкие аттракторы в косых произведениях Открыть работу

В настоящей работе рассматриваются гладкие косые произведения над сдвигом Маркова со слоем отрезок. Среди них выделяется естественный класс косых произведений, обладающий свойствами, аналогичными частично гиперболическим динамическим системам. Для типичного такого косого произведения даётся полное описание динамики: существует лишь конечное число тонких аттракторов и репеллеров, которые почти всюду в смысле меры Маркова в базе представляют собой графики измеримого отображения из базы в слой. Точки между ними стремятся к соответствующему аттрактору при t стремится к +бесконечность и репеллеру при t стремится к -бесконечность. В частности, для типичного такого косого произведения неблуждающее множество имеет меру нуль.

Волчков Дмитрий Владимирович

Волчков Д.В., Леонов А.Ю.
Метод оценки эффекта от внедрения информационной системы планирования контрольных мероприятий Открыть работу

В работе рассматривается метод построения модели процесса согласования контрольных проверок при формировании плана проверок в государственных органах контроля и надзора в рамках задачи оценки эффективности внедрения информационных систем. Предлагаемый метод может быть использован при оценке общего эффекта от внедрения информационных систем планирования контрольных мероприятий в государственных органах контроля и надзора. Приведены результаты использования данного метода для решения задач согласования проверок с заданным числом исполнителей.

Вьюгин Владимир Вячеславович

М.С. Полякова, В.Г. Трунов, В.В. Вьюгин
Об одной реализации алгоритма AdaBoost для решения задач классификации Открыть работу

Предложена реализация алгоритма AdaBoost для усиления простых классификаторов. При этом можно использовать классификаторы, не рассчитанные на использование весов обучающей выборки. Приведены сравнительные результаты экспериментов для пяти простых классификаторов. Обсуждаются соотношения между бустингом и подбором оптимальных параметров алгоритмов классификации.

Вьюгин Илья Владимирович

И.В.Вьюгин
Проблема Римана-Гильберта в нетривиальных расслоениях над CP^1 Открыть работу

Рассматривается одно обобщение проблемы Римана-Гильберта. В классической проблеме Римана-Гильберта требовалось построить фуксову систему, имеющую заданные представление монодромии и набор особых точек. Мы рассматриваем задачу построения логарифмической связности в расслоении, заданного голоморфного типа по тем же данным. Заметим, что случай тривиального расслоения совпадает с классической проблемой Римана-Гильберта для фуксовых систем.

И.В. Вьюгин, Р.Р. Гонцов
К обобщенной проблеме Римана-Гильберта Открыть работу

Рассматривается обобщенная проблема Римана-Гильберта для данных монодромии скалярного линейного дифференциального уравнения с иррегулярными особенностями.

Гайдукова Аксинья

Гайдукова А.П., Ставровская Е.Д., Миронов А.А.
Инструментальное средство поиска регуляторных мотивов в геномах Открыть работу

В процессе жизнедеятельности клетки не все гены экспрессируются одновременно. Это достигается за счет регуляции. Понимание механизма регуляции экспрессии генов – важнейшая задача биологии. При изучении регуляции экспрессии на уровне транскрипции важно не только определить белки-регуляторы (транскрипционные факторы), но и участки их связывания с последовательностью ДНК. В настоящее время в открытом доступе находится большое количество секвенированных геномов и данных по экспрессии генов, что позволяет изучать регуляцию путем анализа последовательностей с помощью вычислительных методов. Задача поиска регуляторных мотивов в наборе последовательностей ДНК – классическая задача биоинформатики. К настоящему моменту создано огромное количество алгоритмов поиска мотивов, однако все они имеют свои ограничения, и не существует универсального алгоритма, который решает эту задачу. Известно, что алгоритмы, комбинирующие различные методы, наиболее эффективны и универсальны. В данной работе мы представляем алгоритм поиска мотивов в последовательностях ДНК, совмещающий словарные техники и методики, использующие скрытые марковские модели.

Гельфанд Михаил Сергеевич

Светлана Петрова, Алексей Витрещак, Михаил Гельфанд
Cравнительно-геномный анализ структур РНК, регулирующих трансляцию генов рибосомных белков у протеобактерий и фирмикут Открыть работу

Один из важных механизмов регуляции генов связан с образованием вторичной структуры мРНК в регуляторной (или лидерной) области гена. Такой механизм регуляции имеется как у бактерий, так и у эукариот. Рибосомный белок связывается с регуляторным сайтом мРНК, имитирующим сайт связывания рибосомного белка с рибосомой. При связывании запирается сайт инициации трансляции и рибосомальные гены не экспрессируются. В данной работе мы проследили за протяженностью уже известных регуляторных мРНК сигналов. А также предсказали новые регуляторные элементы в классе фирмикут. В частности, филогенетический анализ str,aplha, spc регуляторных сайтов показал, что регуляция ограничена только гамма-протеобактериями, причем, отсутствует в нескольких семействах гамма-протеобактерий, более близких к бета- протеобактериям. В другом случае, регуляция оперона L21-L17 сохранена во всех фирмикутах, кроме молликут. Бактерии этой группы имеют сильно вырожденный геном (в 5-10 раз меньше чем у других бактерий), и регуляция часто теряется. Регуляторная структура оперона L21-L27, а также для еще двух оперонов - L19,L13-S9 предсказана нами. Никаких данных о регуляции данных оперонов ранее не встречалось.

E.E. Khrameeva, A.A. Mironov, M.S. Gelfand
Functional Similarity and Chimeric Transcripts in Spatially Close Genome Domains Открыть работу

Recent progress in determination of 3D structure of nuclear chromatin allows one to study correlations between spatial proximity of genome domains and their functional state. We combined the 3D data from with the results of several high-throughput studies of the chromatin functional state and observed that the frequency of pairs mapping to two di®erent genome loci is higher among spatially proximal regions. The results also show that gene regions that are spatially close tend to have similar patterns of histone modi?cations, methylation state, open or closed chromatin state, and expression level.

Гитис Валерий Григорьевич

Александр Дерендяев, Валерий Гитис, Аркадий Вайншток
Интеграция сетевой ГИС в распределенную информационно-аналитическую среду Открыть работу

Рассмотрены принципы интеграции сетевой ГИС в большую распределенную систему, оперирующую в реальном времени с потоками разнотипных пространственно-временных данных. Показана реализация взаимодействия ГИС Гео-ЕСИМО с серверами ЕСИМО. Представлены примеры анализа пространственно-временных данных по мировому океану.

Гладилин Сергей Александрович

Павел Безматерных, Сергей Гладилин, Дмитрий Николаев
Генеративное распознавание штрихкодов с применением аппарата быстрых обобщенных преобразований Хафа Открыть работу

В работе предлагается метод быстрого вычисления оценки близости матрицы распознаваемого штрихкода с матрицами идеалов, использующий алгоритм построения быстрых обобщенных преобразований Хафа (далее БОПХ), также рассматриваются оптимизации данного алгоритма по скорости и памяти, и проводится сравнение с другими способами реализации генеративного распознавания.

Гонцов Ренат Равилевич

И.В. Вьюгин, Р.Р. Гонцов
К обобщенной проблеме Римана-Гильберта Открыть работу

Рассматривается обобщенная проблема Римана-Гильберта для данных монодромии скалярного линейного дифференциального уравнения с иррегулярными особенностями.

Гордиенко Евгений Николаевич

Е.Н. Гордиенко
Эволюция бактериальных пангеномов Открыть работу

С увеличением количества полностью секвенированных геномов бактерий появляется возможность проводить сравнения групп штаммов друг с другом. При этом обнаруживается, что внутривидовое разнообразие состава генома довольно велико. В работе описан подход к оценке эволюционных расстояний между группами штаммов, входящих в три рода семейства Энтеробактерий, на основе сравнения состава геномов. Оценена вариабельность геномного состава для проанализированных штаммов и проведена функциональная категоризация генов, обеспечивающих такую вариабельность.

Гришин Александр Алексеевич

Д. С. Жванский, В. А. Селионов, И. А. Солопова, А. А. Гришин
Исследование взаимовлияния циклической активности верхних и нижних конечностей на общий паттерн мышечной активности. Открыть работу

Целью работы было исследование возможности активации мышц пассивной руки при ее циклических движениях, навязанных активными движениями контралатеральной руки или экспериментатором, и влияние на эту активность противофазных движений нижних конечностей. Здоровые испытуемые в положении лежа осуществляли противофазные движения рук отдельно, или совместно с шагательными движениями ног. Эксперимент включал в себя 3 условия: 1) активные движения обеих рук; 2) активные движения одной руки, при которых другая вынужденно участвовала в движении, но была полностью пассивна, 3) пассивные движения руки, вызываемые экспериментатором. В условии 2) применяли дополнительно нагрузки на активную руку. Во всех трех условиях эксперимент проводили также и на фоне шагательных движений ног. Показана возможность активации мышц пассивно движущейся руки, в значительной степени обусловленной увеличенным афферентным притоком от мышц контралатеральной руки. Появляющаяся электрическая активность модулировалась в цикле движения рук и зависела от нагрузки активной руки. Во время шагательных движений и сопутствующих им движений рук происходило взаимодействие систем нейронного управления верхних и нижних конечностей.

Грошев Фёдор Владимирович

Ф.В. Грошев, Д.С. Осипов
Об одном механизме увеличения скорости передачи данных в системе DHA FH OFDMA и его влиянии на пропускную способность системы Открыть работу

В работе рассматривается система множест-венного асинхронного доступа, использующая частотно-позиционное кодирование (Dynamic Hopset Allocation Frequency Hopping OFDMA) и пороговый прием. Предложен механизм наращи-вания скорости передачи за счет выделения ка-ждому из пользователей нескольких непересе-кающихся кодовых последовательностей. Оцени-вается влияние использования такого механизма как на пропускную способность одного пользо-вателя, так и на пропускную способность сис-темы в целом. Кроме того, проведено сравнение с другим механизмом наращивания скорости пе-редачи данных: увеличением скорости за счет увеличения мощности алфавита.

Давыдов Александр Абрамович

Александр А. Давыдов, Виктор В. Зяблов, Рустам Э. Калимуллин
Подкоды кода Рида-Соломона со словами без совпадающих символов Открыть работу

Рассматриваются последовательности, в которых каждый символ алфавита встречается не более одного раза. Наборы таких последовательностей строятся как нелинейные подкоды q - ичного [n, k, n - k + 1]q кода Рида-Соломона длины n <= q , состоящие из слов без совпадающих символов. Используется понятие связок линейного кода. Для размерностей k = 2,3 получены конструктивные нижние оценки (в ряде случаев, точные границы) максимальной мощности подкода для различных n и q и построены подмножества слов, достигающие этих оценок и границ. Проведено сравнение мощности построенных подкодов с укорочениями перестановочных кодов. Также исследуется спектр расстояний в связках со словами без совпадающих символов.

Давыдов Яков

Яков Давыдов, Александр Тоневицкий
Изучение копийности рибосомального белка L7 Открыть работу

Одним из наиболее сложных для изучения участков рибосомы является, так называемый, L7/L12 стержень, включающий в себя белки L10 и L7. Комплекс белков L10 и L7 кишечной палочки содержит четыре молекулы белка. В 2005 году было показано, что рибосома T. maritima содержит не четыре, а шесть молекул белка L7. Предложен метод определения in silico числа молекул L7 в рибосоме бактерии. Был проведён анализ эволюции прокариотического белка L7.

Даниленко Александр Игоревич

А.И. Даниленко
Система автоматизированного проектирования иерархических меню Открыть работу

Описана автоматизированная система оптимизации иерархической структуры меню. Сформулированы требования к интерактивному процессу проектирования. В качестве математической формализации задачи предложена модель на базе теории оптимизации иерархических структур. Описаны полученные теоретические результаты и реализованная на их основе интерактивная система проектирования меню. Подход проиллюстрирован на примере оптимизации меню мобильного телефона.

Дерендяев Александр Борисович

Александр Дерендяев, Валерий Гитис, Аркадий Вайншток
Интеграция сетевой ГИС в распределенную информационно-аналитическую среду Открыть работу

Рассмотрены принципы интеграции сетевой ГИС в большую распределенную систему, оперирующую в реальном времени с потоками разнотипных пространственно-временных данных. Показана реализация взаимодействия ГИС Гео-ЕСИМО с серверами ЕСИМО. Представлены примеры анализа пространственно-временных данных по мировому океану.

Диконов Вячеслав Григорьевич

Диконов Вячеслав, Павел Дяченко
Эксперимент по построению синтаксической структуры английских предложений с использованием заранее известных фрагментарных данных. Открыть работу

Основная гипотеза данной работы состоит в том, что использование дополнительной информации об анализируемом предложении в процессе автоматического построения его синтаксической структуры и далее семантического графа позволяет повысить качество получаемой структуры. Мы проверили эту гипотезу на основе материала, представляющего собой корпус английских предложений, для которого ранее были получены различные знания о свойствах отдельных слов. Обработка материала в нашей работе проводилась лингвистическим процессором ЭТАП. Получены числовые оценки количества и качества изменений в результате использования имевшихся корпусных данных при текущем уровне развития синтаксического анализатора ЭТАП, английского комбинаторного словаря и словаря UNL.

Дубчак И.

Е.Д.Ставровская, Д.А.Родионов, А.А. Миронов, И. Дубчак, П.С.Новичков
Вероятностный подход для выявления состава регулона. Различные способы определения меры принадлежности гена к регулону. Открыть работу

Распознавание транскрипционных регуляторных сетей – одна из интереснейших задач, с которой столкнулось биоинформатическое сообщество в связи с постоянно растущим количеством полных геномов. Сравнительно-геномный подход с успехом использовался для анализа транскрипционной регуляции многих метаболических систем в различных бактериальных таксономических группах. Консервативность сайта перед геном в группе родственных геномов свидетельствует в пользу регуляции гена данным транскрипционным фактором. Традиционно для определения регуляторных сайтов при поиске с помощью профильной матрицы устанавливают некоторый оптимальный порог на вес сайта. В данной работе предложены три способа определения меры принадлежности гена к регулону на основании эволюционной консервативности сайта. Две меры основаны на выборе оптимального порога на вес сайта, а третья использует альтернативный подход.

Дурнева Анна

Дурнева Анна
Электрофизиологические ответы клеток крыши среднего мозга и базального оптического ядра на различные зрительные стимулы. Открыть работу

Получение информации об истинных размерах объектов и расстояниях до них - один из решающих факторов ориентации в пространстве. Качество этой информации определяет адекватность поведенческих реакций и, следовательно, эволюционную конкурентоспособность вида. Целью данной работы являелось изучение ответов клеток мозговых проекций сетчатки на стимуляцию.

Дяченко Павел Владимирович

Диконов Вячеслав, Павел Дяченко
Эксперимент по построению синтаксической структуры английских предложений с использованием заранее известных фрагментарных данных. Открыть работу

Основная гипотеза данной работы состоит в том, что использование дополнительной информации об анализируемом предложении в процессе автоматического построения его синтаксической структуры и далее семантического графа позволяет повысить качество получаемой структуры. Мы проверили эту гипотезу на основе материала, представляющего собой корпус английских предложений, для которого ранее были получены различные знания о свойствах отдельных слов. Обработка материала в нашей работе проводилась лингвистическим процессором ЭТАП. Получены числовые оценки количества и качества изменений в результате использования имевшихся корпусных данных при текущем уровне развития синтаксического анализатора ЭТАП, английского комбинаторного словаря и словаря UNL.

Жванский Дмитрий Сергеевич

Д. С. Жванский, В. А. Селионов, И. А. Солопова, А. А. Гришин
Исследование взаимовлияния циклической активности верхних и нижних конечностей на общий паттерн мышечной активности. Открыть работу

Целью работы было исследование возможности активации мышц пассивной руки при ее циклических движениях, навязанных активными движениями контралатеральной руки или экспериментатором, и влияние на эту активность противофазных движений нижних конечностей. Здоровые испытуемые в положении лежа осуществляли противофазные движения рук отдельно, или совместно с шагательными движениями ног. Эксперимент включал в себя 3 условия: 1) активные движения обеих рук; 2) активные движения одной руки, при которых другая вынужденно участвовала в движении, но была полностью пассивна, 3) пассивные движения руки, вызываемые экспериментатором. В условии 2) применяли дополнительно нагрузки на активную руку. Во всех трех условиях эксперимент проводили также и на фоне шагательных движений ног. Показана возможность активации мышц пассивно движущейся руки, в значительной степени обусловленной увеличенным афферентным притоком от мышц контралатеральной руки. Появляющаяся электрическая активность модулировалась в цикле движения рук и зависела от нагрузки активной руки. Во время шагательных движений и сопутствующих им движений рук происходило взаимодействие систем нейронного управления верхних и нижних конечностей.

Зверков Олег Анатольевич

О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий
Позиционная связь генов пластомов растений и водорослeй Открыть работу

Проведён полный анализ позиционной связи генов в пластомах растений и водорослей. Анализ основан на сопоставлении аннотаций генов в банке данных GenBank. Предположен новый вид аттенюаторной регуляции, который показан на примере пары генов ycf33 и ilvB и основан на сопряжённой трансляции этих генов, в ней ycf33 играет роль гена лидерного пептида для гена ilvB. Обсуждаются роли генов ycf12 в формировании железосероцентров и ycf34 в синтезе аминокислот.

Зяблов Виктор Васильевич

Кобозева И.Г., Зяблов В.В.
Декодированиe трехмерных обобщенных кодов с локализацией ошибок. Открыть
работу

В работе рассмотрен алгоритм декодирования трехмерных обобщенных кодов с локализацией ошибок. Получены результаты моделирования для кодов длиной 4096, также было проведено сравнение полученных данных с результатами теоретических расчетов и с результатами для обычных ОЛО-кодов.

А. А. Фролов, В. В. Зяблов
Исследование корректирующих свойств МПП-кодов с кодом-компонентом Рида-Соломона Открыть работу

Рассматриваются МПП-коды c кодом- компонентом Рида-Соломона. Код-компонент имеет минимальное кодовое расстояние d = 4. Описан мажоритарный итеративный алгоритм декодирования с жестким решением. Показано, что при таком алгоритме декодирования в ансамбле случайных МПП-кодов существуют коды, способные исправить линейно растущее с длиной кода число ошибок. Приведены сравнения полученных теоретических и практических оценок корректирующей способности таким образом построенных кодов с теоретическими и практическими оценками для МПП-кодов c кодом-компонентом Рида-Соломона меньшей избыточности.

Зяблов В.В., Рыбин П.С.
Оценивание в графе Таннера числа ребер с заданными свойствами Открыть работу

В работе представлен метод оценки числа ребер с заданными свойствами в графе Таннера двоичного МПП-кода, основанный на методах, разработанных В.В. Зябловым и М.С. Пинскером в работе 1975г. Показано, что данный метод позволяет улучшить оценку доли ошибок, гарантированно исправимых итеративным алгоритмом декодирования, аналогичным предложенному в указанной выше работе. Получены численные результаты для двоичного МПП-кода с компонентным кодом с проверкой на четности и кодом Хэмминга. Проведен сравнительный анализ с результатами, полученными ранее.

В.В. Зяблов, К.А. Кондрашов
Декодирование Q-ных плетеных сверточных МПП-кодов Открыть работу

Рассматриваются два q-ных плетеных сверточных кода с малой плотностью проверок (П-СМПП) с двумя и четырьмя кодами-компонентами Рида-Соломона. Исследуются корректирующие способности при жестком декодировании мажоритарным алгоритмом и алгоритмом с введением стираний.

Александр А. Давыдов, Виктор В. Зяблов, Рустам Э. Калимуллин
Подкоды кода Рида-Соломона со словами без совпадающих символов Открыть работу

Рассматриваются последовательности, в которых каждый символ алфавита встречается не более одного раза. Наборы таких последовательностей строятся как нелинейные подкоды q - ичного [n, k, n - k + 1]q кода Рида-Соломона длины n <= q , состоящие из слов без совпадающих символов. Используется понятие связок линейного кода. Для размерностей k = 2,3 получены конструктивные нижние оценки (в ряде случаев, точные границы) максимальной мощности подкода для различных n и q и построены подмножества слов, достигающие этих оценок и границ. Проведено сравнение мощности построенных подкодов с укорочениями перестановочных кодов. Также исследуется спектр расстояний в связках со словами без совпадающих символов.

Иомдин Борис

Б. Л. Иомдин
Русская бытовая предметная лексика: онтология и описание Открыть работу

Бытовая предметная лексика – слова, называющие артефакты, регулярно используемые большинством городских жителей независимо от их профессиональной и социальной принадлежности – ставит перед исследователем и лексикографом интересные и сложные задачи. Описывается проект словаря-тезауруса бытовой терминологии русского языка, который начала составлять группа молодых исследователей под руководством автора работы. Приводятся и анализируются первые результаты анкетирования информантов и предлагается онтологическая классификация бытовой предметной лексики, необходимая и в качестве базы для создания словаря-тезауруса, и для различных прикладных целей.

Казенников Антон Олегович

Казенников А.О.
Эксперименты по созданию гибридной системы синтаксического анализа на основе системы ЭТАП-3 Открыть работу

В работе представлены результаты экспериментов по созданию гибридной системы синтаксического анализа на основе правиловой системы ЭТАП-3[1] и статистических методов синтаксического анализа. Статистический компонент на основе машинного обучения используется в двух режимах: для сохранения заведомо корректных связей и удаления заведомо некорректных связей. Основным результатом представленных экспериментов является небольшое улучшение качества синтаксического анализа. Кроме того, наблюдается сокращение времени синтаксического анализа.

Казнадзей Анна Денисовна

Казнадзей А.Д.
Изучение эволюции геномных локусов углеводного метаболизма у бактерий Открыть работу

Целью данной работы является исследование эволюционных особенностей геномных локусов, относящихся к углеводному метаболизму бактерий. В состав локуса, ответственного за метаболизм каждого конкретного сахара или группы сахаров, входит ряд генов, кодирующих белки, которые участвуют в биохимических превращениях углеводов, таких как фосфорилирование, гидролиз, изомеризация, а также трансмембранные переносчики и регуляторы транскрипции. Сравнение распределений семейств и подсемейств белков разных функциональных классов по бактериальному филогенетическому древу позволяет обнаруживать комбинации эволюционно совместимых групп и оценивать степень функциональной совместимости их представителей.

Калимуллин Рустам Эмирович

Александр А. Давыдов, Виктор В. Зяблов, Рустам Э. Калимуллин
Подкоды кода Рида-Соломона со словами без совпадающих символов Открыть работу

Рассматриваются последовательности, в которых каждый символ алфавита встречается не более одного раза. Наборы таких последовательностей строятся как нелинейные подкоды q - ичного [n, k, n - k + 1]q кода Рида-Соломона длины n <= q , состоящие из слов без совпадающих символов. Используется понятие связок линейного кода. Для размерностей k = 2,3 получены конструктивные нижние оценки (в ряде случаев, точные границы) максимальной мощности подкода для различных n и q и построены подмножества слов, достигающие этих оценок и границ. Проведено сравнение мощности построенных подкодов с укорочениями перестановочных кодов. Также исследуется спектр расстояний в связках со словами без совпадающих символов.

Капитонов Михаил Александрович

Талис В.Л., Капитонов М.А., Максимова Е.В.
Мышечные пост-эффекты и поддержание равновесия у детей с нарушениями сенсо-моторной интеграции Открыть работу

Анализировали вертикальную стойку у детей с нарушениями сенсо-моторной интеграции до и после коррекционных приемов, воздействующих на тоническое напряжение аксиальных мышц. Траекторию движения центра давления (ЦД) регистрировали при стоянии с открытыми (ГO), закрытыми глазами (ГЗ) и на поролоновом коврике с открытыми глазами до и после коррекционного воздействия. Длина траектории движения ЦД (в основном за счет сагиттальной составляющей) у обследованных детей была во всех условиях больше, чем у взрослых больных с тем же диагнозом, и эта разница достигла степени значимости для стойки на поролоне. После коррекционного воздействия дестабилизирующее влияние закрывания глаз у детей с нарушениями сенсо-моторной интеграции уменьшилось как за счет фронтальной, так и за счет сагиттальной составляющей траектории движения ЦД. Результаты позволяют заключить, что стойка детей с нарушениями сенсо-моторной интеграции хотя и менее устойчива, чем у взрослых больных, но коррекционное воздействие приводит к оптимизации использования проприоцептивной информации при закрывании глаз.

Карпенко Семен Михайлович

Семен Карпенко, Валерий Соколов, Дмитрий Николаев
Сдвиговое и полусдвиговое преобразование Хаффа: генерация быстрых вычислительных схем Открыть работу

В работе дается опредение сдвигового и полусдвигового обобщенного преобразования Хафа. Для сдвигового преобразования предлагается жадный алгоритм генерации быстрых вычислительных схем. Рассматривается возможность применения предложенного алгоритма к задаче детектирования эллипсов на изображении. Кроме того, в работе предлагается альтернативный подход к задаче генерации с использованием аппарата КС-грамматик.

Карпова Марина Александровна

Карпова М.А., Шишкин А.Л.
Линейные искажения в цифровом спутниковом канале передачи данных с аддитивном белым гауссовским шумом Открыть работу

Рассмотрены линейные искажения, вносимые в цифровой спутниковый канал передачи данных при фильтрации сигнала на борту космического аппарата. Представлены аналитические выражения, описывающие межсимвольную интерференцию, возникающую при линейных искажениях. На их основе предложен метод расчета потерь от линейных искажений в канале с гауссовским шумом. Результаты проверены с помощью имитационного моделирования, а также испытаний на оборудовании. Дано обоснование применению полученных результатов к каналам с помехоустойчивым кодированием.

Кирьянов Антон Геннадьевич

Антон Кирьянов, Александр Сафонов, Евгений Хоров
Методы исследования переходных характеристик протокола OLSR при включении/выключении узла сети Открыть работу

Протокол OLSR, один из самых популярных протоколов маршрутизации в сетях MANET, оказывается неэффективным при высокой мобильности. Многочисленные исследования протокола так и не ответили на вопрос, почему это происходит, и каким образом надо изменить протокол, чтобы он работал эффективно в подвижных сетях. В работе вводится оригинальная классификация ошибок маршрутизации и предлагается метод исследования протокола, основанный на наблюдении процессов, происходящих при изменении топологии сети. Этот метод позволяет ответить на первый вопрос и частично отвечает на второй.

Клепцын Виктор

Д.С. Волк, В.А. Клепцын
Тонкие аттракторы в косых произведениях Открыть работу

В настоящей работе рассматриваются гладкие косые произведения над сдвигом Маркова со слоем отрезок. Среди них выделяется естественный класс косых произведений, обладающий свойствами, аналогичными частично гиперболическим динамическим системам. Для типичного такого косого произведения даётся полное описание динамики: существует лишь конечное число тонких аттракторов и репеллеров, которые почти всюду в смысле меры Маркова в базе представляют собой графики измеримого отображения из базы в слой. Точки между ними стремятся к соответствующему аттрактору при t стремится к +бесконечность и репеллеру при t стремится к -бесконечность. В частности, для типичного такого косого произведения неблуждающее множество имеет меру нуль.

Климова Евгения Юрьевна

Klimova Evgeniya, Ravcheev Dmitriy
Кислород-зависимая регуляция азотфиксации в Alphaproteobacteria Открыть работу

Азотфиксация – это сложный биохимический процесс превращения молекулярного азота в ионы аммония, которые впоследствии включаются в органические соединения клети. Данный процесс достаточно широко таксономически распространен среди бактерий и архей, однако до сих пор его изучение было ограничено лишь несколькими модельными организмами. Наиболее хорошо азотфиксация исследована в Alphaproteobactiria. Процесс азотфиксации осуществляется за сч?т фермента нитрогеназы, которая крайне чувствительна к присутствию молекулярного кислорода (в аэробных условиях нитрогеназа разрушается). По этой причине существует система регуляции азотфиксации, сигналом для которой является наличие молекулярного кислорода. В частности, ответ на присутствие кислорода на уровне экспрессии генов осуществляется гомологичными факторами транскрипции FnrN, регулирующим свою активность самостоятельно в ответ на присутствие кислорода, и FixK, регулируемом двухкомпонентной системой FixL-FixJ. В настоящей работе FnrN-, FixK и FixL-FixJ-зависимая регуляция азотфиксации в Alphaproteobacteria была исследована методами сравнительной геномики и найден мотив связывания белка FixJ.

Кобозева Ирина Геннадьевна

Кобозева И.Г., Зяблов В.В.
Декодированиe трехмерных обобщенных кодов с локализацией ошибок. Открыть работу

В работе рассмотрен алгоритм декодирования трехмерных обобщенных кодов с локализацией ошибок. Получены результаты моделирования для кодов длиной 4096, также было проведено сравнение полученных данных с результатами теоретических расчетов и с результатами для обычных ОЛО-кодов.

Коваленко Алексей Викторович

Алексей Коваленко, Анна Цыганова
Многоадресная рассылка с подтверждениями Открыть работу

В данной статье рассматривается надежная многоадресная рассылка в беспроводной меш-сети. Анализируются варианты реализации надежной рассылки с помощью протоколов, строго гарантирующих доставку сообщений получателям рассылки, вероятностных протоколов, в которых доставка сообщений осуществляется с некоторой вероятностью, а так же гибридных протоколов. В статье предлагается новый протокол DORG (Delay-Oriented Reliable Groupcast), реализующий новый метод опроса получателей рассылки и учитывающий факт частой корелляции ошибок в меш-сети. Произведена аналитическая оценка среднего времени обнаружения ошибки передачи, как важного параметра для многих категорий трафика.

Комеч Сергей Александрович

С. А. Комеч
Изменение объема границы под действием логарифмически-несжимающей последовательности отображений Открыть работу

С целью установления геометрической интерпретации энтропии для широкого класса динамических систем, не обладающих свойством равномерной гиперболичности, в данной работе изучается искажение границы под действием логарифмически-несжимающей последовательности отображений.

Кондрашов Алексей Симонович

G.A. Bazykin, Alexey S. Kondrashov
Detecting past positive selection through ongoing negative selection Открыть работу

At any given moment, positive selection which favors currently rare, derived alleles affects only a small fraction of sites in the genome and, thus, is much rarer than negative selection, which favors common, ancestral alleles. A variety of methods for detecting positive selection, both past and ongoing, are in use, and a number of unambiguous cases of positive selection-driven allele replacements have been described at the sequence level. Still, neither of these methods is perfect. Here, we propose a method for detecting past positive selection through ongoing negative selection, based on comparison of the parameters of intraspecies variation at functionally important and selectively neutral sites where the same nucleotide substitution occurred recently. A reduced presence of recently replaced alleles at functionally important sites indicates that negative selection currently acts against these alleles and that their replacements were driven by positive selection. Application of this method to Drosophila melanogaster lineage shows that the fraction of adaptive amino acid replacements in it remained ~0.5 for a long time. In Homo sapiens lineage, however, this fraction drops from ~0.5 in the course of origin of Catharrhini to 0.1 in the course of origin of Hominidae, to 0 in the course of hominid evolution, perhaps due to the impact of a reduction of effective population size, which can mask past positive selection by elevating the level of nonsynonymous variation.

S. Naumenko, A. Kondrashov, G. Bazykin
Frequency of reversals in evolution of vertebrates and insects decreases on increased phylogenetic distance between substitutions Открыть работу

Functional evolution of protein sequences takes place on a fitness landscape, and each amino acid substitution can increase or decrease fitness or leave it invariant. The rate of reversals – amino acid substitutions that give rise to an ancestral amino acid – is relevant to the shape of the fitness landscape and its dynamics. Here, we show that reversals are very frequent in evolution of vertebrates and insects. The fact that amino acid has been present in the evolutionary history of a given amino acid position significantly increases the probability of reversal into this amino acid. The rate of reversals decreases with increased phylogenetic distance. Phylogenetic distance affects the frequency of reversals stronger than other factors.

Лёушкин Е.В., Кондрашов А.С., Базыкин Г.А.
Эволюция кодирующей последовательностей ДНК в участках инсерций и делеций Открыть работу

Инсерции и делеции (инделы) в кодирующей области ДНК играют значительную роль в эволюции белков. В работе исследуются инделы длиной до 60нт, не вызывающие сдвига рамки считывания. Подавляющее большинство инсерций представляет собой тандемные дупликации. Инделы преимущественно возникают в участках с ослабленным отрицательным отбором, и приводят к дальнейшему увеличению скорости точечных нуклеотидных замен в своей окрестности. Со временем скорость эволюции в окрестности индела снижается. Показано, что сама последовательность инсерции имеет высокую скорость эволюции сразу после вставки, которая со временем также постепенно снижается. По-видимому, окружение вставки/делеции адаптируется к новой структуре белка, в результате чего скорость эволюции снижается. Результаты теста Макдональда-Крейтмана и анализа ранних замен показывают, что многие из точечных нуклеотидных замещений в инсерциях на начальном этапе из эволюции имеют адаптивный характер.

Кондрашов Константин Александрович

В.В. Зяблов, К.А. Кондрашов
Декодирование Q-ных плетеных сверточных МПП-кодов Открыть работу

Рассматриваются два q-ных плетеных сверточных кода с малой плотностью проверок (П-СМПП) с двумя и четырьмя кодами-компонентами Рида-Соломона. Исследуются корректирующие способности при жестком декодировании мажоритарным алгоритмом и алгоритмом с введением стираний.

Кондратенков Иван Борисович

И.Б. Кондратенков, Л.И. Рубанов
Алгоритм автоматического обнаружения устойчивых изменений, наблюдаемых на неоднородном фоне в последовательности видеокадров Открыть работу

Сегодня наметилась отчетливая тенденция к переходу от традиционных систем видеонаблю-дения, постоянно замкнутых на операторе, к полуавтоматическим системам, привлекающим внимание оператора только в действительно нужных ситуациях. Для таких компьютерных систем наблюдения, осуществляющих само-стоятельный контроль за изменениями наблю-даемой сцены, используют термин «интеллек-туальные системы наблюдения».

Коростелев Юрий

Yuriy Korostelev, Jennifer Gerton
Covalent protein-RNA complexes extraction Открыть работу

We developed a protocol for covalent protein-RNA complexes extraction from yeast. The complexes are extracted from lysate using centrifugation in a cesium chloride gradient and then puried on a glass fiber filter. Analysis of RNA from the complexes shows that it is a population of small-sized RNAs the majority of which are 200 nucleotides long.

Костюков Михаил

М.В. Костюков
Построение искусственной мозаики колбочек как полигонального разбиения с заданными параметрами Открыть работу

В работе рассматривается проблема моделирования мозаики колбочек. Формально ставится задача построения разбиения области на многоугольники с площадями, являющимися реализацией случайной величины с заданным распределением. Показывается, что эта задача может быть сведена к минимизации функционала с геометрическими ограничениями. На основании этого в работе предлагается несколько вариантов алгоритма построения мозаики фоторецепторов на плоскости.

Красилов Артем Николаевич

Александр Сафонов, Евгений Хоров, Артем Красилов
Анализ эффективности протокола OLSR в канале 5МГц Открыть работу

Начатый недавно переход на цифровое телевизионное вещание высвобождает диапазоны частот ниже 1 ГГц. Вопрос использования этих частот беспроводными сетями построенными на базе WiFi уже изучается группой IEEE 802.11af комитета по стандартам IEEE 802 LMSC. Особый интерес представляет возможность работы в освободившемся диапазоне получивших широкую популярность многошаговых беспроводных сетей, построенных на базе WiFi: MANET и mesh-сетей, в работе которых важная роль отведена протоколу маршрутизации пакетов. В данной работе исследуется эффективность популярного протокола маршрутизации OLSR в сети WiFi, работающей на центральной частоте 400 МГц в канале шириной 5 МГц. В работе введены оригинальные показатели эффективности протокола маршрутизации, такие как доступность услуги маршрутизации и стоимость оказания этой услуги, представляющие интерес для исследователей и инженеров для настройки протокола. Определена область применимости протокола OLSR, используемого с параметрами по умолчанию, которая оказывается не слишком большой, особенно в случае мобильных сетей и в сетях с высокой загрузкой. Наконец, сформулированы гипотезы о возможных изменения значений параметров OLSR, которые могут расширить область применимости этого протокола.

Крещук Алексей Андреевич

Крещук А.А.

Поиск работ по автору